Los líderes del mundo libre, después de la catastrófica invasión alienígena son raptados por los alienígenas junto con los SAINTS a una simulación de alterna de su ciudad Steelport. En esta realidad alterna los protagonistas cuentan con poderes especiales que deberán usar para acabar con los planes del líder alienígena ZINYAK y liberar al mundo de las garras mentales de los invasores